仮面ライダー(スカイライダー)【敵組織】
ネオショッカー
かつて猛威を振るった悪の秘密結社・ショッカーの名を継ぐ組織だが直接の関係は不明。動植物や妖怪をモチーフとした怪人を操り、選ばれた人間のみが生きる世界を目指す。初代幹部のゼネラルモンスターが怪人ヤモリジンとして敗北し粛正された後は魔神提督が着任、8人ライダーと死闘を繰り広げた。
首領
ネオショッカー大首領
ネオショッカーの支配者。姿を見せる事は無く、基地の赤い巨眼を輝かせて指令を下す。魔神提督の着任後はあまり指示を送らなかったが、53話でついにその姿を現す。その正体は地球侵略を企むB26暗黒星雲が送り込んできた、竜を思わせる巨大な宇宙怪獣だった。好物は人間の耳。洋の母を捕らえ、自分の世話係をさせていた。最終話で地球上の酸素を全て消滅させる酸素爆弾を使って人類抹殺を企むが、弱点である右足の裏をスカイライダーにボウガンで射抜かれ、弱ったところを8人ライダーのエネルギーを結集させたセイリングジャンプによって酸素爆弾と共に宇宙に飛ばされ、大爆発して果てた。なお大首領の声はショッカー~デルザー軍団までの大首領と同じ声だが、両者の関係については劇中では語られていない(『仮面ライダーSPIRITS』にはJUDO(大首領)とは別の存在として登場している)。
幹部
ゼネラルモンスター
日本支部初代幹部。正体はヤモリジンであり、普段しているアイパッチにもヤモリが描かれている。怪人製造に並々ならぬ関心を寄せ、改造人間研究者のプロフェッサー・ドクとは友人である。忠実な部下には鷹揚な面を見せるが、権威主義的であり逆らわれること、茶化されること、無礼な振舞いを非常に嫌う。
それゆえにか最終作戦においてはゴキブリジンに充分な力を与えようとせず、最後はスカイライダーを道連れに自爆させようとさえした。結局それがために最後通告を下され、自ら変身して出撃する羽目となり、17話で魔神提督の攻撃で死亡した。元はナチスドイツの将校で、ゾル大佐の上官だったという説もあるが、詳細は不明。
魔神提督
18話から登場した二代目日本支部長。不甲斐ない日本支部の怪人を見限り、海外支部から呼び寄せた複数の有能な怪人による作戦を展開する。しかしながら多数の意味不明な作戦も同時に行っており、怪人をスカウトするときの基準、作戦の採用基準には疑問が多い。残忍な性格ではあるが、ユーモラスな一面も見せ、有能な部下はおおいに褒め、厚遇する度量を持つ。ゼネラルモンスターや旧ショッカー幹部らのように怪人体に変身することはなく、そのままの姿で怪人なみの戦闘力を持つ。主な武器は腰に佩いた長剣である。倒されても心臓さえ無事ならば月の光を浴びることで復活できるが、最後は大首領に見限られ心臓を握りつぶされて死亡した。
怪人
幹部の指示に従い、作戦を行なう改造人間たち。頭部に逆三角形の形をした赤いランプが付いている(これは冷却装置の作動を示すものであり、闘争心が高まり体内メカがフル稼動し始めると輝く)。主に動植物の能力を移植されているが、妖怪的な姿をした者もいる。初期の怪人には名前の最後に『ジン』という名が付いていたが、中盤以降は付かなくなった。魔神提督の着任後は海外の支部から呼び寄せられた強力怪人が導入された。
戦闘員
アリコマンド
アリの能力を付与した改造人間。黒い服とマスクを着ている。怪人の能力の実験台にされたり、役に立たなくなったと判断されると即座に廃棄処分にされるなど、歴代の仮面ライダーシリーズの戦闘員と比べても消耗品扱いの傾向が強い。劇中ではその製造過程も描かれた。白い服を着た科学者タイプもいる。
ドクロ暗殺隊
最終話に登場した大首領直属のアリコマンド部隊。顔をドクロの面で覆っている。筑波洋の母を殺害したが、怒りに燃える洋の反撃によって全滅した。
仮面ライダー【フィギュア・グッズ】